Secara umum, struktur audit terdiri atas tahap-tahap audit, elemen masing-masing tahap audit, tujuan umum masing-masing elemen, dan tugas-tugas tertentu yang diperlukan untuk mencapai setiap tujuan. Audit kinerja pada dasarnya merupakan perluasan dari audit keuangan dalam hal tujuan dan prosedurnya. Berdasarkan kerangka umum struktur audit tersebut, dapat dikembangkan struktur audit kinerja yang terdiri atas:

1. Tahap pengenalan dan perencanaan (familiarization and planning phase)
   
2. Tahap pengauditan (audit phase)
   
3. Tahap pelaporan (reporting phase)
   
4. Tahap penindaklanjutan (follow-up phase)
   

TAHAP PENGENALAN DAN PERENCANAAN

Tahap pengenalan dan perencanaan terdiri dari dua elemen, yaitu:

Survei Pendahuluan (Preliminary Survey)

    Pada tahap survei pendahuluan berupaya untuk memperoleh gambaran yang akurat tentang lingkungan organisasi yang diaudit, terutama berkaitan dengan struktur dan operasi organisasi, lingkungan manajemen, kebijakan, standar, dan prosedur kerja.

Review Sistem Pengendalian (Control System Review)

    Prosedur audit yang dilakukan pada tahap review sistem pengendalian secara garis besar terdiri dari tiga langkah, yaitu:

• Menganalisis sistem manajemen organisasi
  
• Membandingkannya dengan model yang ada
  
• Mencatat dugaan terhadap setiap ketidakcocokan/ketidaksesuaian
  

  
   

    Kriteria yang digunakan untuk menilai reliabilitas data dibagi dalam dua area:

1. Proses Pengumpulan, Perhitungan dan Pelaporan Data
   

• Prosedur yang ada didesain untuk memastikan fairness, dependability, dan reliability data.
  
• Terdapat pengendalian dalam proses pengumpulan dan penghitungan data untuk memastikan integritas data.
  
• Pengendalian yang telah ditetapkan sudah dijalankan.
  
• Terdapat dokumentasi yang memadai untuk menentukan integritas data.
  

1. Kecukupan Pelaporan data
   

• Data yang dikumpulkan dan dihitung, dibuat dengan dasar yang konsisten dengan tahun sebelumnya.
  
• Kewajaran dan reliabilitas data disajikan dengan kriteria tertentu.
  

  
   

    Pekerjaan audit pada tahap pengenalan dan perencanaan diharapkan mampu mempersiapkan dua buah dokumen, yaitu:

1. Memorandum analitis, berisi identifikasi kelemahan yang material dalam sistem pengendalian manajemen dan pembuatan rekomendasi untuk perbaikan atas kelemahan tersebut.
   
2. Memorandum perencanaan, dibuat berdasarkan hasil review sistem pengendalian untuk menentukan sifat, luas, dan waktu untuk pekerjaan audit berikutnya.
   

TAHAPAN AUDIT

    Tahapan dalam audit kinerja terdiri atas tiga elemen, yitu:

1. Telaah hasil-hasil program (program results review)
   
2. Telaah ekonomi dan efisiensi (economy and efficiency review)
   
3. Telaah kepatuhan(compliance review)
   

Secara lebih rinci, komponen audit terdiri dari:

Identifikasi Lingkungan Manajemen

    Auditor harus mengetahui gambaran menyeluruh organisasi dari perspektif hukum, organisasi, dan karyawan.

Perencanaan dan Tujuan

    Komponen ini berkaitan dengan review atas proses penetapan rencana dan tujuan organisasi.

Struktur Organisasi

    Komponen ini berkaitan dengan bagaimana sebuah unit diatur dan sumber daya dialokasikan untuk mencapai tujuan organisasi.

Kebijakan dan Praktek

    Komponen ini mengacu pada kebijakan yang berlaku umum yang merupakan kesepakatan yang dirumuskan oleh masyarakat yang diwakili oleh lembaga legislatif, dan diformalkan dalam peraturan atau petunjuk administratif yang mengacu pada sejumlah aktivitas yang harus dilaksanakan.

Sistem dan Prosedur

    Sistem dan prosedur merupakan rangkaian kegiatan atau aktivitas untuk menelaah struktur pengendalian, efektivitas, ketepatan, logika, dan kebutuhan suatu organisasi.

Pengendalian dan Metode Pengendalian

    Komponen ini berhubungan dengan pengendalian intern terutama accounting control dan administrative control.

Sumber Daya Manusia dan Lingkungan Fisik

    Komponen ini berkaitan dengan sikap karyawan, dokumentasi tentang berbagai aktivitas, dan kondisi fisik pekerjaan.

Praktik Penempatan Karyawan

    Komponen ini mengacu pada: (1) metode dan prosedur yang digunakan untuk melindungi sumber daya manusia yang digunakan untuk mencapai tujuan organisasi, (2) metode dan prosedur yang digunakan untuk mengatur administrasi penggajian, (3) metode dan prosedur yang digunakan untuk menilai kinerja karyawan, (4) kebijakan dan prosedur pelatihan karyawan, dan (5) affirmative action plans, yaitu rencana-rencana tindakan yang disetujui pihak-pihak tertentu.

Analisis Fiskal

    Analisis fiskal diperlukan untuk menganalisis informasi keuangan yang secara langsung atau tidak langsung dapat digunakan untuk mengindikasikan efisiensi operasi, ekonomis, dan efektivitas unit organisasi yang dievaluasi.

Investigasi Khusus

    Investigasi ini lebih diarahkan pada usaha untuk mengevaluasi solusi alternatif yang didesain untuk meningkatkan efektivitas dan efisiensi atau peningkatan nilai ekonomis sebuah fungsi organisasi.

TAHAP PELAPORAN

    Ada tiga langkah utama yang sangat penting dalam mengembangkan laporan audit secara tertulis, yaitu:

1. Persiapan. Pada tahap persiapan, auditor mulai mengembangkan temuan-temuan audit, menggabubgkan temuan-temuan tersebut menjadi sebuah laporan yang koheren dan logis, serta menyiapkan bukti-bukti pendukung dan dokumentasi yang diperlukan.
   
2. Penelaahan. Merupakan tahap analisis kritis terhadap laporan tertulis yang dilakukan oleh staf audit, review, dan komentar atas laporan diberikan oleh pihak manajemen atau auditee.
   
3. Pengiriman. Meliputi persiapan tertulis sebuah laporan yang permanen agar dapat dikirim ke lembaga yang memberi tugas untuk mengaudit dan kepada auditee.
   

Laporan audit untuk audit kinerja terdiri atas:

    Pendahuluan

1. Umum
   
2. Surat pengiriman atau memorandum
   
3. Laporan ringkasan
   
4. Daftar isi laporan secara keseluruhan
   
5. Daftar tabel dan gambar
   

    Teks

1. Pendahuluan
   
2. Badan (body), mencakup: pengantar masalah (bila perlu), temuan-temuan, kesimpulan dan rekomendasi
   
3. Komentar auditee
   

    Referensi Masalah

1. Footnotes
   
2. Lampiran
   
3. Bibliografi
   
4. Komentar auditee (jika tidak dimasukkan ke dalam teks)
   
5. Bahan referensi
   

TAHAP PENINDAKLANJUTAN (FOLLOW-UP)

    Tindak lanjut didesain untuk memastikan/memberikan pendapat apakah rekomendasi auditor sudah diimplementasikan. Dari sisi auditor, hal-hal yang perlu diperhatikan dalam tahap penindaklanjutan, antara lain:

    Dasar Pelaksanaan Follow-Up

Dasar untuk melakukan follow-up adalah perencanaan yang dilakukan oleh pihak manajemen.

    Pelaksanaan Review Follow-Up

Perencanaan manajemen memberikan dasar untuk review follow-up.

    Batasan Follow-Up

Pelaksanaan follow-up sebaiknya tidak terbatas pada penilaian pelaksanaan dan dampak rekomendasi yang diusulkan oleh auditor, namun sebaliknya juga dihindari terjadinya follow-up yang overload.

    Implementasi Rekomendasi

• Implementasi oleh Unit Kerja
  

      Unit yang diaudit memiliki kesempatan pertama untuk mempelajari temuan dan rekomendasi audit.
  

• Implementasi oleh Eksekutif
  

      Manajemen biasanya menerima hasil audit terlebih dahulu dibandingkan lembaga pengambil kebijakan atau legislatif.
  

• Peranan Auditor dalam Pengimplementasian Rekomendasi Audit
  

      Dalam proses pengimplementasian rekomendasi, auditor hanya berperan sebagai pendukung.
  

• Peranan Legislatif dalam Mengimplementasikan Rekomendasi Audit
  

      Lembaga legislatif merupakan otoritas tingkat akhir yang dapat mengambil tindakan implementasi rekomendasi secara formal dengan mengadopsi peraturan, mosi, dan sebagainya.
  

    Pemeriksaan Kembali Secara Periodik

Laporan hasil pemeriksaan sebelumnya dapat dijadikan sebagai dasar untuk memulai pekerjaan audit sehingga dapat menghemat waktu untuk perencanaan audit, dan isu-isu spesifik dapat diidentifikasi lebih awal pada proses perencanaan.